Secondo testimonianze attendibili, il nuovo Papa non conosceva affatto l’Opera di Maria Valtorta. A differenza del Predecessore, inoltre, Egli si affidava ai Dicasteri competenti decentrando il governo della Chiesa. Fu così che nel 1959 approvò ad occhi chiusi il Decreto del Sant’Uffizio che condannava l’Opera all’Indice dei libri proibiti. Un articolo apparso su L’Osservatore Romano giustificava la condanna con la “grave disobbedienza” di quei Religiosi che dieci anni prima erano stati intimati di non darla alle stampe.
Dopo un breve arresto delle vendite, l’Opera di Maria Valtorta riprendeva a diffondersi lentamente e in silenzio, senza rivalse pubblicitarie.
Nell’ottobre 1962, ad un anno esatto dalla morte di Maria Valtorta, il papa Giovanni XXIII apriva il Concilio Ecumenico Vaticano II, che accendeva qualche speranza. Egli moriva otto mesi dopo.